一般认为，合作社进入加工领域是多数农产品销售型合作社发展到一定阶段的必然选择。不过，首先要区分“合作社办加工”与“合作社办加工企业”两种不同情况。
以往人们讨论“合作社办加工”，往往是指合作社向产业链下游延伸的纵向一体化尝试，也即加工环节被内化于合作社中，所涉及的各类加工设备的采购成本和资金、技术等其他投入一般都来自于合作社，所产生的收益也归属于合作社;并且，多数合作社所进行的加工是以初加工为主，一般不会去另外注册一家实体企业独立运作此类加工项目。本文所讨论的“合作社办加工企业”，比以往探讨的“合作社办加工”要更狭义、更明晰，他是指合作社兴办一个新的企业组织，合作社和新办的企业是两个不同的法人主体，所涉及的加工环节更多情况下属于深加工领域。这种模式也不同于农业龙头企业为了稳定农产品加工原料供应、降低原料采购成本，引领农产品原料产区(基地)农民兴办的合作社，因为这种模式下兴办的合作社是加工企业向产业链上游延伸的纵向一体化产物，通常是被企业所操控的“戴帽子”合作社，农民社员在其中很难获得较高的收益和确保收益的稳定，加工企业也有利用合作社进行合理避税的嫌疑。
二、合作社办加工企业的实际情况
“合作社办加工企业”不是最近才提出的新概念。就政策层面看，党中央、国务院非常重视和鼓励合作社办加工企业(或参股龙头企业)，早在2008年的中央一号文件就提出要“鼓励农民专业合作社兴办农产品加工企业或参股龙头企业”，2010年和2012年的一号文件又先后提出要“扶持农民专业合作社自办农产品加工企业”和“支持农民专业合作社兴办农产品加工企业或参股龙头企业”。其政策设计的初衷是希望通过合作社进入加工领域增加合作社农产品附加值，提高农民社员的生产经营收益。
就实践情况而言，根据农业部公布的数据，截至2011年底，有52.3%的合作社具有生产、加工和销售的一体化功能，也即有二十多万家合作社具有加工能力。根据笔者多年来掌握的丰富资料以及对许多合作社的实地调研，可以认为那些拥有加工能力的合作社所拥有的设施设备大多数都归属于合作社，并且这些加工大多数属于初加工范畴;合作社另外再投资创办(合办)加工企业的情况并不多，甚至可以说很少;而且哪怕是那些已经创办了加工企业的合作社，他们中相当部分属于被动创办，也即合作社本身并不希望另外创办企业，只是迫于一种外部压力，才不得不选择另外注册企业。比如笔者在东北调研时，就曾调研过一家粮食类合作社，这家合作社的理事长说，合作社在发展壮大过程中引入了加工设备，将五谷杂粮进行加工、包装销售，为此他们根据国家规定向当地质监部门申请食品生产许可证(即“QS”认证)，但是令他们郁闷的是，在国家没有禁止合作社申请“QS”认证的情况下，有关部门却认为合作社无法申请“QS”认证，要求他们必须以企业形式进行许可证申请，所以后来他们以企业的身份申请到了“QS”认证。此外，那位理事长还告诉笔者，周边的市场对于合作社法人还比较陌生，他们要拓展市场，也需要借助企业的牌子，因此该家合作社产品的包装袋上同时印着合作社和公司两个名称。
三、合作社办加工企业的类型特征
就财产关系而言，合作社办加工企业一般有三种情况。第一种情况是合作社占有加工企业的多数甚至全部股份。该类型加工企业虽然独立注册，但是基本从属于合作社，合作社在该加工企业中占有绝对话语权，企业收益也多数回馈给合作社，社员大多也能明显受益。政府部门意欲鼓励发展的正是此类加工企业。不过在实践中，此类加工企业存在的可能性并不大，因为在现在制度架构下合作社完全可以进行加工领域的投资与经营，还能享受到各种针对合作社的政策优惠;成立企业后还会增加合作社对于企业的监督控制和经营者激励等难题。
第二种情况是合作社社员投资占有加工企业的多数甚至全部股份。该类型加工企业虽然与合作社也有着较为紧密的联系，但是企业所产生的收益更多地直接交给了投资企业的社员。这种投资企业的社员通常是合作社的核心社员，他们通过投资企业获得了相当可观的加工利润。这种类型在实践领域存在的现实性最大，其最大的驱动力来自于合作社核心成员对合法谋求自身收益的企图。此种模式也算是核心成员与其他普通成员妥协的产物，即核心成员将合作社的利润让渡给普通社员，以换取普通社员同意其进入高风险却又相对高利润的经营环节。
第三种情况是外部第三方主体占有加工企业的多数甚至全部股份。在此类企业中，合作社及其社员基本上扮演了配角角色，大部分的企业加工收益只会给与第三方主体。这种投资企业往往是把合作社视为了农产品加工原料的提供者，这种类型在实践领域中也有一定比重。但是需要注意的是，一旦第三方主体占有了加工企业的多数股份，其很难再被认为标准意义上的合作社办加工企业，也就不再属于政府部门需要鼓励和支持的类别。
四、如何认识合作社办加工企业
1.当前合作社办加工企业的模式，需要关注引导。总体而言，笔者相信我国会有越来越多的合作社自办加工企业。但在今后若干年里，更加可能存在和发展的是由合作社核心成员投资控股、合作社及其普通社员参股的农产品加工企业。在这些企业中，合作社核心成员因为能够获得较高的经营收益而非常有动力去经营好加工企业，普通社员则因既能获得额外收益还能相对避免经营风险，较有可能默认甚至支持此类加工企业存在与发展。但是此类加工企业大量存在，是否还符合政府部门鼓励合作社发展加工企业的本义，值得深思，需要引导。
2.当前合作社办加工企业的能力，需要认真审视。应该说，有办加工企业需求的合作社并不在少数，但当前我国具有办加工企业实力的合作社尚属少数。属于资本和技术密集型的深加工环节，利润空间较大，风险也较大，合作社在其中具有一定程度的内在制度劣势，这也为很多合作社研究者所公认。目前，我国许多合作社还不具有进入深加工领域的资金与技术实力，也不具备足够的企业家能人和专业技术人才。合作社要慎重考虑是否创办加工企业进入深加工环节。
3.对于已经(正准备)创办加工企业的合作社而言，要构建好合作社、加工企业、社员与企业经营者之间的利益联结机制。一般说来，合作社办加工企业，合作社自然是合作制，而加工企业则是股份制。因此必须构建好“合作制+股份制”的利益联结机制。可以考虑通过股份制明晰产权，给予企业家能人足够的经营激励;同时要通过企业董事会、监事会进行有效监督，还可以通过让企业经营者定期向合作社汇报企业经营与财务情况等方式监督好企业组织。
4.合作社办加工企业是发展方向，政府部门应适当鼓励和引导。一方面，政府部门应通过完善和改进财政、金融、税收积极鼓励合作社在社内进行初加工环节的经营拓展，使得初加工收益能够更好地被留存和分配给合作社及其普通社员。另一方面，对于合作社在深加工环节创办加工企业的探索，政府部门在现阶段应采取一种谨慎鼓励的态度，即允许合作社及其核心社员去尝试、探索，并且只要该加工企业依法经营，合作社社员又认可其经营模式，政府部门就不必担心或焦虑，更不要去干涉其具体经营行为。与之相对的是，政府部门在现阶段还要注意避免一味鼓励合作社冒进深加工领域，对于高收益、高投入、高风险的深加工环节而言，一旦经营失败，其负面效果将会很严重。我国农民专业合作社还很年轻，无论在资金、技术抑或人才等方面都还很欠缺。对于中国的合作社理论界而言，可以更为大胆主动地去从事此类问题的研究，同时可以比较其与西方合作社的特征和阶段差异，以更好地促进中国农民专业合作社的实践发展。
