鱼类进行免疫接种是预防难以控制的和经常造成巨大损失的疾病的最佳选择。目前国内外市场上预防细菌性疾病的疫苗包括福尔马林灭活菌苗和油佐剂产品；另外，可以拌饵投喂的口服疫苗在国外市场上也有出现。市售的疫苗有只抗一种细菌的单价疫苗，也有可抗一种以上细菌的多价疫苗。
具体方法
1.浸泡接种
用该法接种，需要用防水帆布把一大群鱼与网箱的其余部分隔开，并在其中加入少量稀释的麻醉剂使鱼安静。这一期间要不断泵入空气或氧气以免缺氧。疫苗的适当剂量通过估计的接种鱼体重计算（通常每100公斤鱼需要1升疫苗）。疫苗放于一个适当的容器中用海水或淡水稀释（常见的稀释比例为1：10即1升疫苗加9升水），可将氧气缓慢通入疫苗稀释液以减少鱼的应激反应。把镇静状态的鱼从防水帆布中捞出，每次大约0.5公斤，以免过于拥挤或压伤。将水滤干后把鱼放入疫苗稀释液中一段时间，一般至少30秒。
常规操作是把从防水帆布中捞起的鱼放到疫苗稀释液中的一个有孔的塑料碗中，浸泡时间一到，就将鱼从疫苗液中取出并放入暂养设施中。
2.注射接种
当鱼足够大时（均重50克/尾以上），可采用腹腔注射的方法接种。此时如果采用浸泡法，由于鱼体较大，用防水帆布隔离的鱼数量较少。在进行麻醉时，鱼越大，因应激反应而自伤的风险越大，所以需要格外小心。随后，用网捞出一小群鱼放入一个装有较高浓度麻醉剂稀释液的容器中，直至鱼静止不动。在接种台上操作时鱼头向外，鱼腹向上，在鱼的腹部注射疫苗（剂量通常为0.1～0.2毫升）。针头刺入腹腔大约0.5厘米。可使用全自动注射器。注射后，将鱼放入暂养池中，几分钟后，鱼就会从麻醉状态恢复过来。
注意事项
1.免疫接种只适用于未受任何刺激的健康鱼，当鱼患病或近期刚受到重度处理或受到其它环境刺激时，不能进行接种；
2.为在接种时保持几乎全空的胃肠，接种前应该停食。鱼越小，水温越高，所需禁食的时间越短。禁食的鱼对操作造成的刺激的耐受力较差，对麻醉剂敏感；
3.接种必须在无病环境下进行，在水温15℃时接种后约2周才能暴露于病害中或转入易患病的池中。水温越高，产生免疫所需的时间越短；
4.在浸泡接种时，疫苗稀释液和养殖水体的温差不应超过2℃。
