认识误区之一：科技创新就是科学研究和科技领先，科技创新就是整个农业和农村发展的一副“灵丹妙药”
这种观点认为，只要能够通过科学研究，并实现科技领先，所有问题就能迎刃而解。实际上，农业科技创新是农业科技进步与应用创新的“双螺旋结构”共同演进互动而催生的产物;是在农业生产过程中，科技人员与农业生产者及消费者的互动挖掘需求，通过农业生产者、消费者参与创意、研发到试验推广与应用全过程。农业科技创新包括基础研究、应用研究、示范试验、推广应用和进入市场五个相互衔接的阶段。这五个相互衔接的阶段缺一不可。现在的科技创新理论应是双螺旋结构理论，科学进步和应用创新两者相互影响、相互作用、螺旋上升。
农业科技创新强调创新过程中的科技力量，但不是科技发明的本身，而是农业科学技术发明的价值实现。农业科技创新并不是一个纯科技概念。事实上，它应该是个经济的概念。光有科学研究，没有随后的推广应用、产业化生产和进入市场，就不能称之为科技创新。此外，科技创新可以为农业发展提供动力，提高农业生产力水平和国际竞争力，但是要实现可持续农业发展和粮食安全，还需要一系列的配套措施、完善的政策环境和社会人文环境等。科技创新不是一剂放之四海而皆准的“灵丹妙药”。 认识误区之二：认为农业科技创新就是高新技术的研究，就是科学技术领先
这种观点造成盲目追求高精尖、高新技术研究，极力推崇所谓的“顶层设计”，无比崇拜“大科学”，盲目热衷“大工程、大项目、大课题”。在国家资源有限的情况下，将大量资源甚至倾国之财力盲目地投入这些“大计划”、“大工程”或者大项目，而对积累性农业技术创新不屑一顾，甚至挤压、“关停并转”那些传统的农业技术研究，使一些传统或非主流的实用学科和应用技术研究萎缩，乃至消亡。这种认识误区和政策误导，在许多发展中国家普遍存在。在中国曾经有一段时间确实出现千军万马会战农业高新“生物技术”，重复投资，造成浪费，而传统的杂交育种、突变育种却缺乏经费支持，一度被打入“冷宫”。一些实用的栽培技术、水土保持技术研究也被挤压、被忽视。
实践证明，恰恰就是这些被忽视的传统育种技术和实用技术为中国的粮食生产和粮食安全做出了巨大贡献。截至目前，中国采用传统育种技术已育成小麦新品种2200多个，为中国小麦生产做出了突出贡献。尽管现代生物技术的发展将为传统育种技术注入新的生命力，目前这些传统的育种技术在作物品种改良上仍然处于主导地位。由此可见，提高农业生产力和国家粮食安全的农业科技创新，并非一定要全部致力于高投入、“高精尖”的农业技术。低成本、高效率、现代和传统的有机结合的实用技术往往对发展中国家的农业发展和粮食安全能做出及时、更大的贡献，如“桑基渔田”是联合国粮农组织向全世界广泛推广的一种模式。
认识误区之三：忽视农民在农业科技创新中的重要地位和作用
无论在制定农业科技创新的战略，还是确定农业科研项目时，往往采取一种“闭门造车”“跟踪国外”或“自上而下”的技术创新和应用创新思维，既忽视农民在农业科技创新中的作用，也忽视农民作为最终用户或者受益者的真正需求，结果自然是造成科技创新的供给和需求脱节，技术成果转换率低下，科技创新的效率和效果均不理想。目前，中国农民的人口仍然约占全国总人口的50%，没有一个国家的农村规模和农民人口能与中国相提并论。这个庞大的规模和人口特征就形成了中国农村发展和农业生产的最基本也是最重要的国情之一。任何忽视农民的实际需求和作用的科技创新最终肯定是失败的。因为作为农业生产力中最重要的主导因素的农民是决定农业科技创新成败与否的关键。
实施的经验和教训均表明：以农民和农业生产需求为驱动、以促进农业生产和粮食安全的结果为基础或导向制定并实施农业科技创新战略和技术路线，是卓有成效并成功的。联合国粮农组织、国际原子能机构联合采用这种以需求为驱动、以应用结果为基础的技术创新，利用核技术研究成功的牛肺疫诊断技术，帮助非洲许多国家根除了这种疾病，仅博茨瓦纳一国，每年就保护了对欧盟国家价值9000万美元的牛肉出口。
在确定农业科技创新战略时，必须认识科技创新的成本和效率、科技创新和科技进步的关系，现代和传统技术的权衡比重，前瞻创新性和传统应用性技术研究，有益于小农户技术和集约化农业高新技术的比重，资源型和劳动密集型的技术发展等诸多因素。此外，政策环境和社会人文环境也对科技创新的成败起到重要作用，这一点对于决策者至关重要。
