直辖以来，重庆市科委全力支持西南大学、重庆三峡农科院等单位开展油菜良种自主创新，构建油菜高效育种技术体系，先后育成杂交油菜新品种24个，其中国审7个。新品种在重庆、四川、湖北、湖南、云南、贵州等地累计推广8100多万亩，新增产值58亿元。
为攻克油菜含油量与蛋白质含量双提升的难题，在重庆市科委农作物良种创新工程持续、稳定支持下，西南大学先后攻克了油菜高效小孢子培育技术、隐性核全不育杂交制种技术、高油酸近红外分析技术、粒色鉴定技术和甘蓝型黄籽油菜化学调控技术等系列育种关键技术，并以此构建了优质、高产、高效油菜育种技术体系。获得了粒色遗传稳定的甘蓝型黄籽油菜材料;研究出的隐性核全不育杂交制种技术，可使油菜制种单产提高10-15%，纯度达90%以上，比国颁标准提高10个百分点。利用自主构建的油菜育种技术体系，2003年选育出世界上第一个粒色遗传稳定的甘蓝型黄籽油菜新品种“渝黄1号”，2007年选育出西南地区第一个双低油菜新品种“渝油21”，2009年选育出西南地区第一个隐性核三系双低油菜新品种“渝油27”;2012年“渝黄4号”被农业部推荐为油菜主导品种之一。同时，创造出了一大批高油酸、高含油量、耐高温、双低高效、多抗等油菜育种新材料。
在油菜良种创新工程推动下，重庆市油菜产业效益和质量实现重大提升。一是油菜种植面积稳步增长。从1999年的227万亩上升到2013年的323万亩，在各省市中不降反增。二是油菜单产大幅度增长。大面积单产由直辖初76公斤/亩提高到2013年的123公斤/亩，增长了62%;最高亩产达到230公斤。三是油菜品质大幅度提升。含油量从直辖初的34%提高到43%以上，芥酸含量从45%下降到1%以下，硫苷含量从130微摩尔/克下降到30微摩尔/克以下。四是良种覆盖率大幅度提高。从直辖初的27%提高到71%，其中自育品种推广面积达40%以上。
