丽江市紧扣“科技创新支撑丽江高原特色农业产业健康可持续发展”这个主题，切实加大农业科技投入，培育壮大新型农业经营主体，完善科技服务体系，促进科技创新在全市高原特色农业发展中的支撑和引领作用日趋明显。
2013年以来，市科技局先后实施国家和省级涉农科技项目69项，争取省以上财政科技经费补助3583万元。通过实施“丽江华坪优质晚熟芒果产业化开发”“三川火腿精深加工关键技术研究及产业化开发”“丽江玛咖产业发展共性关键技术研究与应用示范”等一批省级重大农业科技计划项目，有力地带动了全市特色农产业的发展壮大。
同时，坚持把支持高原特色种业的发展作为一项基础性工作，以马铃薯、水稻、玉米、中药材等特色、优势品种为抓手，加大种质资源收集、保护和鉴定力度，整合科研院所及种业企业科技资源，实施了一批种业科技项目，着力培育了一批具有较好应用前景和自主知识产权的优良新品种。由市农科所研发的丽薯6号、丽薯8号、丽薯10号、丽薯11号、丽薯12号等系列马铃薯品种，通过云南省品种审定，其中丽薯6号被省农业厅确定为云南省马铃薯生产主导品种。
市农科所实施的“丽粳”系列水稻品种丽粳14号、丽粳15号、丽粳11号获国家植物新品种种权证书，丽粳9号在永宁创造低纬度高海拔高寒稻作区连片种植产量世界纪录。由绿鑫绿色生物科技有限公司、云全生物开发有限公司培育的“滇重楼1号”“滇重楼2号”和“云全1号”等滇重楼新品种通过省级认定，成为全省滇重楼产业主推品种。由国海药材种植场培育的“云和1号”“云和2号”“云和3号”珠子参新品种，填补了我国珠子参品种空白。
目前，全市共有云南省农产品深加工科技型企业26家，云南省优质种业基地29家，农业科技示范园26家，科技型农村经济合作组织7家，农业科技特派员38名。
