首先，有机食品确实“不能使用人工合成农药”，但不代表它不使用农药，只是它用的是“有机农药”。目前，被美国环境保护署核准使用的有机农药有195种，它们都是从动物、植物或者天然矿物质中提取的，比如硫磺、敌百虫、除虫菊、毒鱼藤等。尽管跟人工合成农药来源不同，但它们同样具有毒性，也并非完全不残留，如果不清洗干净就吃下去，对身体能有好处吗?
其次，有机蔬果不使用化肥，因此在种植时大多使用植物性堆肥或是动物排泄物。这就带来了一个问题：人畜体内都有病菌和重金属，会随着粪便排出，用这些肥料种植出来的蔬果，沾染上大肠杆菌、沙门氏菌等的几率更高，可能引发食用者的感染甚至死亡。美国哈德逊研究所的全球食品研究主管丹尼斯·艾弗瑞是名激烈的反有机人士，他曾引用美国疾控中心的数据，宣称食用有机食品感染大肠杆菌的危险性是食用普通食品的八倍。
此外也有研究者发现，由于有机农田的虫害比较难控制，有些植物被咬伤后可能分泌对人体有害的毒素，也更容易被霉菌等感染。而意大利帕尔玛大学的学者吉蒂尼·S曾在2005年发表过一项研究，他和同事对比了有机牛奶和普通牛奶后，发现有些有机牛奶样本中的黄曲霉素含量明显高于普通牛奶，可惜他们并没有找出具体的原因。
看不见的资源耗费
对于现代化农业对环境的破坏，触目惊心的例子比比皆是：化肥农药抗生素泛滥、土地板结贫瘠、河流水道被污染……有机食品的培育，其实是人们回归传统，向大自然还债的一种方式。有许多研究和实例证明，有机种植对恢复土壤生命力，调节生态系统有着很大的帮助。因此，我们自然而然就会把它跟环保联系起来。
那么，回到买苹果的例子，如果我买下了来自新疆的有机苹果，是不是就比买城郊老农的苹果要环保呢?这是个有趣的论题。
如果从碳排放的角度看，尽管有机苹果的生产方式对环境友好，但它从遥远的产地包装好，千里迢迢地运到我身边的超市，这个过程所耗费的能源可能已经抵消了它带来的好处，那么，买城郊老农刚摘下来的苹果是不是反而环保一点?
而从种植过程所耗费的资源看，有机食品也未必真的更环保。美国罗代尔研究所的专家就曾提出，为了控制虫害，专门生产大量的有机农药本身便提高了社会和生态成本。以最常用的除虫菊为例，为了从除虫菊花中提炼出足够的有效成分，满足每年全球超过两万吨的需求，肯亚和秘鲁开垦了大量的花田，并靠无数人力每天手工采收一亿多朵花。这些花田本身占用了生产农作物的土地，甚至是砍伐森林破坏植被换来的，这对环境到底是好还是坏呢?
说到消耗的社会成本，英国曼彻斯特商学院的教授肯·格林有更明确的看法。他和同事曾在2007年向英国环境农业部(DEFRA)提交过一份全面的报告。在报告中，格林和同事比较了150种最常见的食品，从生产到消费过程中对环境的影响，最后得出的观点是：“与集中化大批量产的同类食品相比，有机生产能源利用率不高，消耗的土地可能加重森林和生态系统的负担。”比如，报告提到，跟常规牛奶相比，有机牛奶的生产需要增加80%的土地，排放的污染物也增加了一倍。
在2012年4月，《自然》杂志也报道了一份相关的研究，加拿大麦吉尔大学和美国明尼苏达大学的研究者分析了66项针对34种农作物的研究，发现不论是水果、蔬菜还是谷物，每种有机农作物的产量都比常规种植的要低，尽管程度不同。其中产量最接近的是靠雨水浇灌的蔬果(如草莓)和长年种植的果树，有机和常规产量的差别只有3%;油类作物(如大豆)的产量差别也只有11%;而对粮食作物如玉米、小麦来说，常规农业的产量要高34%。
那么，有机农业到底推不推广好呢?研究者之一——明尼苏达大学的乔纳森·弗雷的看法是：“对于解决全人类温饱问题的农作物来说，传统的种植方法在目前还是很有必要的。至于产量区别不太大的蔬果呢?当然可以采用有机种植方式。”不管如何，有机种植是一种可持续的生产方式，但它对种植者的技术和知识要求也比常规种植高得多，在缓慢的进步中，两者的产量是可以一步步地缩小的。
