此外，临时收储制度也使得国储棉产生大量未消化的库存。
3月29日，国家发改委消息显示，2012年度棉花临时收储交易全部结束，累计成交634.2万吨，其中新疆成交393.3万吨、其他产区成交240.9万吨。
而期货经纪公司金源期货8月12日发布棉花周报称，到7月31日2012棉花年度竞拍结束后，国储棉尚有1000多万吨库存。
PCI纤维咨询公司中国市场总监陈九妹认为，经过这两个棉花年度的收储，中国棉花库存增加了800万吨，已经超过了使用量，如果收储政策不变，需求将被持续抑制，下一个棉花年度，整个库存量还会继续增加。
库存也让“一手托收储、一手托纺企”的农业发展银行(下称“农发行”)感到紧张——农发行一方面要为中储棉及相关流通企业提供贷款支持，另一方面要为涉农的棉纺行业提供贷款，这两者的关系理不顺，也会增加农发行的资金回收风险。
农发行总行客户二部三处处长栗华田告诉《中国经济周刊》，新的棉花年度一开始，农发行就要投放收储资金，棉花价格高，也会给农发行带来资金供应上的压力。而纺纱厂因为棉价高导致经营状况不佳，也会影响还贷周期。
纺织从业者并不反对为棉农提供政策性保护，他们认为，以直接补贴的方式保护农民更合适。
朱北娜说，保护农民就应该让钱直接到农民手里，国家可以结合西北地区、长江流域等不同地区的具体情况，给农民相应的补贴。
中国棉业越来越强劲的竞争对手印度采用的就是这种办法。据印度纺织品出口促进委员会会长马尼坎·拉瓦斯瓦米介绍，印度用直补的方式激励农民使用有机肥和合成肥，以确保棉花生产更加可持续。路易达孚是世界最大的棉花贸易商，据其中国公司董事长陈涛介绍，世界最大产棉国美国对棉农采用的也是直补政策。
中纺联已向国务院及国家发改委反映这一诉求，并已引起重视。据王天凯透露，发改委已经形成初步的棉花流通体制改革征求意见稿，只是直补的具体方式以及实施时间还没有确定。中纺联副会长高勇担忧地说：“今年收储政策已经确定，即使国家决定采纳直补建议，最早也要明年实行，这段时间，棉纺企业怎么办?”
对话中国纺织工业联合会会长王天凯：棉花应该真正回到市场配置资源中
《中国经济周刊》：国内外高棉价差对哪些企业影响最大?
王天凯：差价首先冲击的是中小企业、小微企业。首先它本身配额少，现在实际的棉纺企业效益很大程度上取决于配额的拥有量，一吨棉花差价五六千块，生产棉纱能有多少效益?其次，在技术储备上，大企业即便在棉花差价很大的情况下，也可以通过调整产品结构，来抑制差价，但中小微企业没有这个能力。所以我们还是希望促进棉花流通体制改革，真正通过市场机制来形成公平的竞争环境。
《中国经济周刊》：如果放弃临时收储政策，中储棉等流通企业的利益是不是会受到冲击?
王天凯：如果取消收储，中储棉完全可以参与到国际市场的流通中，在棉花低价时收进来，高价时卖出去，既能缓解国内用棉不足，又能在国际市场上赚钱。
《中国经济周刊》：棉花进口配额制度是否也应该改变?
王天凯：配额发放要公正、公平、透明，可是目前的配额中有三分之一都发给了大企业，甚至发给了不搞棉花生产的流通企业，它们拿去倒卖，中小生产企业却拿不到配额，这也是不合理的。但目前最亟待解决的是取消收储。
国家已经在研究棉花体制改革，但体制的变动要等到下一个年度，这一段时间国内外棉花差价依然存在，我们希望能将配额比例调低一点，比如到2:1，或者财政再担一点，适当放低一点放储价格。另外放储的时间不要间隔太长，这是从企业平稳运行来考虑的，如果间隔太长，企业会无棉可用，影响生产。
